魔法確立為實際技術約一世紀後的2095年4月。培育魔法師的國立魔法大學附設第一高中，通稱「魔法科高中」的這所學校有一對兄妹入學了。劣等生哥哥 ― 司波達也與優等生妹妹 ― 司波深雪，感情好到經常被誤認為情侶，不過直到短短數年前，兩人都是女主人與傭人般的冰冷關係。三年前的沖繩。在深雪心中永難忘懷的那個事件，大幅改變了兩人的心與命運…